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《植物遗传资源学报》的前身是中国农业科学院作物品种资源研究所和中国农学会遗传资源分会主办的《作物品种资源》（1982年创刊），该刊共出版了17年发行70期，两次入选全国农作物、农学类核心期刊（为第16位）。2000年改名《植物遗传资源科学》，共出版3年12期，发表论文近120万字。2002年11月8日国家科学技术部批准《植物遗传资源学报》创刊，主办单位变更为中国农业科学院和中国农学会。2003年办理了期刊出版许可证和ISSN国际统一刊号，重新设计封面，并改开本为大16开，页码增加到96页。2006年主办单位变更为中国农业科学院作物科学研究所和中国农学会，页码增加到128页。2007年对封面作了重新设计，内页全部为铜版纸印刷。 2002年第一届编委会成立，编委会组成后，由正副主任轮流担任各期的责任主编，在刊物质量方面严格把关。2006年第2届编委会成立，并于11月17日召开了第一次会议，编委会主任万建民、顾问董玉琛和主编刘旭在会上讲话，对学报的发展寄予厚望。
经过编辑部全体工作人员的共同努力，《植物遗传资源学报》在稿件数量和质量方面都有较大提高，2003年被科技部西南信息中心“中文科技期刊数据库”收录，被中国科学技术信息研究所和北京万方数据股份有限公司“万方数据-数字化期刊群”全文收录，被“中国核心期刊(遴选)数据库”收录；入选“中国学术期刊综合评价数据库”统计源期刊。
2004年公开发行，同年荣获全国优秀农业期刊学术类二等奖，影响因子0.323。
2005年度影响因子0.872，被《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录。
2006年荣获全国农业期刊金犁奖学术类二等奖；影响因子0.873；被中国学术期刊文摘（中文版）收录。
2007年影响因子0.941。
2007年2月被中国科学院文献情报中心、中国科学引文数据库收录为中国科学引文数据库(CSCD)核心期刊；6月被中国科学技术信息研究所收录为中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）。
2008年进入全国中文核心期刊。
2009年进入中国科技核心期刊和全国中文核心期刊，影响因子已达到1.015。
2010年影响因子1.396。
稿件要求
1. 选录稿件主要视其是否有创新点及其学术价值大小，并综合其在下述方面的表现：①立题的科学意义/学术价值；②对科研进展的了解和引用；③方法或其应用的创新性；④方法的科学性；⑤论证的逻辑性；⑥结果及其分析的合理性；⑦结论的科学性及可参考性/推广应用的前景；⑧信息量与写作质量。
2. 投稿时须填写“著作权许可及转让协议”（下载）。审稿程序：收稿审查（研究方向、基本写作要求、与已有文献的相关性）、两位专家外审、责编初审、责编复审、终审专家审阅、稿件三校（优质稿件将在中国知网上予以网络优先出版）。不论退稿或是录用稿件均会给出具体的审稿意见，未送审的退稿不收取审稿费，可直接改投其他期刊。稿件处理时间一般为3个月，作者可随时上网跟踪审稿进程；若审稿时间超过3个月，可打电话咨询。所有在处理稿件严禁一稿多投，如经发现，不仅取消该稿的发表资格，而且取消该稿第一作者及其通信作者此后3年内向本刊的投稿资格。
写作要求
1. 原则上全文一般不超过12000字（包括图、表及图版）。来稿含中英文题目（务求简明，主题明确，尽量控制在20个汉字以内）、中英文摘要（说明研究目的、方法、成果和最终结论等，重点是方法创新和成果结论；中英文摘要呼应）、关键词（3～6个）。
前言应简明介绍论文提出的背景、意义以及涉及本研究的相关国内外研究状况，进而提出本研究的目的及希望达到的预期效果；材料与方法应交待清楚，尤其是试验方法应逐项详细说明，引用他人方法需标注参考文献。方法有改进处须作交待，资料分析应说明分析方法；结果与分析是文稿的精萃，要体现图文并茂，层次清晰，有理有据，图表务必清楚、简明；讨论主要针对本研究结果与前人研究结果相同、相近或相反的结论进行评论，切不可重复叙述实验结果或与本研究无关的讨论。讨论从某种意义上可以反映作者的学术水平。
综述性论文应对文稿主题作全面综述，包括国内外情况，提供的信息量要大，涉及的时空要长，使读者能比较全面的了解本研究领域历史现状以及今后的研究方向。综述性文章不仅是资料的综合，还要有作者的评述。文章不宜太长，但参考文献要齐全，占主要的，近期的和有份量的资料不要遗漏。
2. 量和单位：应符合国家规定。外文字符要分清大小写、正斜体（文中出现的植物属、种及病、虫名称须附拉丁文学名，全名斜体书写，再次出现时可用缩写。物种学名的命名人，以及属以上级别目、科、族等均用正体书写。），上下角字符的位置高低应区别明显。如面积用hm2、m2，不用公顷、平方米，时间用d（天）、h（小时）、min (分)、s (秒), 重量t (吨)、kg (千克)、g (克),溶积L（升）或mL（毫升）、mol (摩), 溶液浓度用mol/L、mg/L、mg/kg，等（数字与单位间留1/4空格）。涉及的公元世纪、年代、年月日、时刻等各种数字，一律用阿拉伯数字表明。
3. 图表：少而精，信息充足，有自明性。图表应排在正文首次提及之后，图注应放于图题上方。图题、表题、表中横竖项目栏和注释要有中、英文对照, 图中的内容只用英文；数量关系尽量用图表示, 文字部分避免罗列与图、表重复的数字；线条图中点线要准确、清晰、美观。计算机制图请提供制图参数。照片要清晰, 反差好, 如照片较多, 可拼贴成16 cm×22 cm的图版。表格编排采用三线表, 不带竖线。用Word中的制表功能绘制, 勿用Tab键和空格键制表。表内个位数、小数点、±、－、＋等应上下对齐。
4. 作者简介：包括姓名、学位、职称、研究方向（主要从事的研究工作）、E-mail等。通信作者：要注明通信作者姓名、职称、E-mail等。文稿属国家或地方资助项目研究内容的，请注明基金项目的名称及编号。文稿中的致谢写在正文后，文字须简明扼要。
5. 参考文献：引用文献应遵循“最新、关键、必要和亲自阅读过”的原则；凡引用的文献在文中应有注脚，按在正文中出现的顺序排序；数量以不少于15篇为宜，未公开发表的资料一般不宜引用。文献著录要准确，著录格式如下：
期刊论文：[序号] 作者.题名[J].刊名（中文期刊用全称，英文期刊名由多个单词组成，需缩写；单个英文单词组成，勿缩写），出版年，卷（期）：起-止页
专著：[序号] 编著者.书名.版本.出版地：出版者，出版年：页码
论文集、会议录：[序号] 作者.题名[C]//文集主要责任者. 论文集名.出版地：出版者，出版年：页码
学位论文：[序号] 作者.题目[D].地点：单位，年
科技报告：[序号] 作者.题名[R].报告题名及编号，出版地：出版者，出版年
国际、国家标准，行业规范：[序号] 标准起草者.标准编号标准名称[S].出版地：出版者，出版年
电子文献：[序号] 主要责任者.电子文献题名[EB/OL].(发表或更新日期)[引用日期].电子文献的出处或可获得地址
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