本刊创于1987年，原名《盐城工业专科学校学报》。1996年，盐城工专与盐城职大合并，组建盐城工学院，由此，将《盐城工业专科学校学报》更名为《盐城工学院学报》。1998年9月，经国家新闻出版总署批准，获正式刊号（在此之前，为江苏省新闻出版局批准的临床刊号）。《学报》的报道内容以自然科学为主，教学教育研究等社科类文章。2001年12月，国家新闻出版总署正式批准我院出版《盐城工学院学报》（自然科学版）。自2002年第1期始，所刊载文章全为自然科学类作品。
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